红叶文化
第三大文化是红叶文化，《山海经》中记载：皇帝杀蚩尤于黎山，弃其械，化为枫叶。相传，当年黄帝征伐蚩尤后，感觉没有必要再保留武器了，就将刀剑弃在荒郊，顷刻间，这些带血的兵器变成了一片枫林，那殷红的枫叶在萧瑟的秋风中灿然摇曳，如同无辜牺牲的战士一张张凄苦面庞，苍凉悲壮。
自六朝以来，赏枫、观枫、赏秋和观秋成为一种时尚逐渐流行起来，唐代诗人杜牧《山行》诗曰：“远上寒山石径斜，白云深处有人家。停车坐爱枫林晚，霜叶红于二月花。”把枫叶的灼炽空灵描绘到了极致，使红叶成为堪与黄菊相媲美的秋韵妙品。至今，全国已形成各具特色的四处著名赏枫胜地：灿烂的南京栖霞丹枫，始于六朝；宁静的长沙岳麓山枫林，始于唐朝；壮美的北京香山红叶，始于元代；妩媚的苏州天平山红树，始于明代。其中尤以栖霞丹枫历史最久远，景观也最美丽。
明代以来就有“秋栖霞”之说，栖霞山寓意“栖居于云霞山壑之间”，“栖”字有停留之意，而满山红叶，层层叠叠，仿佛是漂浮的红霞随着山峦起伏栖息、停留。清初孔尚任为创作《桃花扇》素材到栖霞山中写下“放目苍崖万丈，拂头红树千枝”的佳作，描写如诗、如画的秋栖霞美景。如今栖霞红叶也享誉海内外，栖霞山以枫香、三角枫、鸡爪槭等为主的色叶树种十分丰富，种类多达40多种，每到深秋，山中漫山红遍，犹如晚霞栖落，蔚为壮观。
中草药文化
《江总碑》中记载：“山中多药草可以摄生，故以摄为名焉。”
自古以来，栖霞山中草药资源在南京乃至华东地区久负盛名。汉时，道教的茅盈及其弟茅固和茅衷兄弟三人便隐居山中采药并炼丹、治病救人和惠济于民。六朝时葛玄、葛洪和陶弘景等几位医药学家在山中采药炼丹，并著书立说。明时，著名医药学家李时珍在其子李建元和徒弟庞宪的陪伴下，跋山涉水，历经艰辛来到栖霞山采集太子参、党参和何首乌等名贵中草药材标本，以充实《本草纲目》的内容。
地质文化
《明征君碑》的碑文为唐高宗李治亲自撰拟，由唐初著名书法家高正臣书写，笔法俊逸清秀，刚柔有致。碑额篆书出自于著名书法家，朝散大夫王知敬之手。碑阴“棲霞”二字，传为唐高宗李治御笔。是全国现存唐碑当中的罕见珍品，也是南京地区保存最为完好的唐代碑刻。碑材有“海百合茎”化石，地质学界称其为“栖霞灰岩”。其实这朵朵梅花是动物海百合茎的化石和中国孔珊瑚化石，距今已有2.8亿年。
栖霞山地学文化内涵丰富，古生物化石众多。
在现在国际地质学界上还有一些岩层被冠以栖霞二字为名，栖霞山被地质专家称为天然地质博物馆和地学教科书。栖霞山除了“栖霞灰岩”和“砂岩” 之外还有钟乳石和江南地区少见的喀斯特地貌，最著名的便是天开岩。传说在一个风雨交加的夜晚，伴随着雷声轰鸣电光乍闪，一声巨响后岩石突然如斧劈般裂开，所以被叫做天开岩。但其实是断层移动裂开而形成的喀斯特地貌，叫人惊叹。
名人民俗文化
明代秣陵名士盛时泰在其所著《栖霞小志》中描写过栖霞山历史上的桃花盛况，曾写到“春暮夏初，则红英绿荫，错落左右，游人行其下，衣袂皆有香色”。栖霞山与桃花有着深厚的文化渊源，古桃花涧的桃花景观自明代便开始就蔚为壮观了。至今，桃花涧两侧的峭壁林间仍有古人题刻的“桃花涧”、“非人间”等字迹。
明末凄美的爱情故事《桃花扇》也曾发生在栖霞山。清乾隆皇帝驻跸栖霞山行宫期间，对栖霞山的桃花钟爱有加，也留下了赞美桃花和桃花涧的诗篇。
桃花扇亭取名于清初著名剧作家孔尚任的作品《桃花扇》。明末清初时秦淮八艳之一的李香君，不仅才艺出众，更因其爱国情操被世人乐道，根据她与侯方域的爱情故事，孔尚任撰写了著名的剧本《桃花扇》。
桃花湖四季景色优美，桃花湖中的亭子是珍珠泉亭，珍珠泉明代为“金陵二十四泉”之一，泉侧墙基条石上的“珍珠泉”三个篆体字，为明代李言恭所题。珍珠泉亭内雕刻清乾隆皇帝题《题珍珠泉诗》：“一泓无滓印空澄，山脚泉喷珠颗砯，凭槛不殊昔年况，剔疏犹忆尹家曾。”
“栖霞丹枫”历史悠久，自六朝以来南京民间就有赏枫、观枫的习俗，“秋栖霞”赏枫的民俗从明代中后期文人的诗篇和老百姓的习惯中逐渐形成。
众多的帝王将相、文人墨客对栖霞山推崇备至，史学界对栖霞山有着“一坐栖霞山，半部金陵史”的美誉。栖霞山承载了半个金陵的故事，“秋栖霞”的壮美景观更是深入人心。明代何乔新（1427-1502年）《送金郎中还南京分韵得韡字》中载：芦花飞雪暗长汀，枫叶栖霞映秋水。这可能是目前赏枫中最早的记载。
历史文化
栖霞山在江南乃至中国历史的文化版图上都有着重要的地位，古代的帝王名仕，今天的专家学者，都对它大加赞赏，并且给予了它美好的赞誉。
明万历十七年（1589）的状元焦竑在《栖霞寺修造记》中记载：金陵名蓝三，牛首以山名，泓济以水名，兼山水之胜者莫如栖霞。意思就是说牛首山以山为名，燕子矶的泓济寺以水为名，兼容山水的地方就是南京栖霞山了。
清乾隆帝六下江南，六到栖霞山，五次驻跸前后共计45天，并盛赞栖霞山为“第一金陵明秀山”。
南京大学程章灿教授曾经用数字化解读栖霞山历史：“一个隐士，两块丰碑，三色美景，四位高僧，五次驻跸，六朝圣迹。”
史学界上对栖霞山也有着“一座栖霞山，半部金陵史”的美誉。
名人文化
明代秣陵名士盛时泰在其所著《栖霞小志》中描写过栖霞山历史上的桃花盛况，曾写到“春暮夏初，则红英绿荫，错落左右，游人行其下，衣袂皆有香色”。栖霞山与桃花有着深厚的文化渊源，古桃花涧的桃花景观自明代便开始就蔚为壮观了。至今，桃花涧两侧的峭壁林间仍有古人题刻的“桃花涧”、“非人间”等字迹。
明末凄美的爱情故事《桃花扇》也曾发生在栖霞山。清乾隆皇帝驻跸栖霞山行宫期间，对栖霞山的桃花钟爱有加，也留下了赞美桃花和桃花涧的诗篇。
桃花扇亭取名于清初著名剧作家孔尚任的作品《桃花扇》。明末清初时秦淮八艳之一的李香君，不仅才艺出众，更因其爱国情操被世人乐道，根据她与侯方域的爱情故事，孔尚任撰写了著名的剧本《桃花扇》。
桃花湖四季景色优美，桃花湖中的亭子是珍珠泉亭，珍珠泉明代为“金陵二十四泉”之一，泉侧墙基条石上的“珍珠泉”三个篆体字，为明代李言恭所题。珍珠泉亭内雕刻清乾隆皇帝题《题珍珠泉诗》：“一泓无滓印空澄，山脚泉喷珠颗砯，凭槛不殊昔年况，剔疏犹忆尹家曾。”
帝王文化
史载有五王十四帝曾与栖霞山结缘。最早来到栖霞山的便是秦始皇了，据《史记》记载：始皇帝登临栖霞山，不仅埋双壁祭告天地，更赦李斯篆文，立石以明示天下。在秦始皇之后呢，南朝时期，明僧绍曾多次被征召，但都婉拒。梁武帝萧衍曾手植六朝松，并派遣僧诠等十人都到栖霞寺学习“三论学”，后栖霞寺成为佛教“三论宗”祖庭。公元556年还未登基的陈霸先（陈武帝）和北齐的军队大战栖霞山，这是栖霞山有史书记载以来的栖霞山第一次大战。梁元帝萧绎书有《摄山栖霞寺碑铭》，为栖霞山历史上第一通石碑。陈后主陈叔宝游历栖霞山，并作《同江仆射游摄山栖霞寺》诗一首。隋文帝杨坚选择蒋州栖霞寺建舍利塔。后唐高祖李渊改栖霞寺为功德寺，下令扩建殿宇达49所，使得栖霞寺和山东长清的灵岩寺，湖北当阳的玉泉寺还有浙江天台的国清寺并称为“四大丛林”。唐高宗李治手书“棲霞”二字刻于明征君碑。明洪武25年定名栖霞寺沿用至今。
清高宗乾隆皇帝六下江南，六到栖霞山，五次驻跸栖霞行宫，共题诗120首，匾额44幅，佛赞1篇。盛赞栖霞山为“第一金陵明秀山”。
